كان الإمام محمد الخضر حسين على اتصال مع التونسيين العاملين في الحقل العلمي والسياسي، وكثيرًا ما زوّدهم بالنصائح والتوجيهات التي تخدم القضية التونسية. ويكفي أن ننظر مثلًا لما اتخذه فيه العلماء من قدوة واسترشاد وسداد الرأي ما كتبه العلامة الأجل محمد الشاذلي النيفر حول مشاركته في الحياة العامة التونسية.
قال من كتاب «بحوث ودراسات مهداة إلى الشيخ محمد الشاذلي النيفر إعداد مجموعة من الأساتذة وتقديم الشيخ محمد المختار السلامي»:
ساهمت مساهمة فعالة، وكنت والحمد لله إلى الإخلاص فيها والوفاق عندما انشقت الحركة، وقد اغتنمت فرصة سفري لحج الضرورة سنة ١٣٦٥ هـ الموافق لـ ١٩٤٦ م، فكاتبت قبل سفري إلى الحج في الباخرة (أندوس الثاني) الشيخ العلامة محمد الخضر حسين؛ لأجتمع به، وأستعين بآرائه للعمل في سبيل القضية التونسية، ولكن لن تتيسر له المقابلة، فكاتبني الشيخ مكبرًا عملي - رحمه الله - بما نصه:
"جمعية الهداية الإسلامية - المركز العام: القاهرة ٢٩ شارع مجلس النواب ت ٥٣١٨٩. تحريرًا في ٩ ذي الحجة ١٣٦٥ هـ.
فضيلة العالم البارع الأستاذ الشيخ محمد الشاذلي النيفر - حفظه الله -،
٩/ ٢ / ٨٩