وأسّس في سنة ١٣٠٤ هـ المؤتمر التعليمي الإسلامي لمساعدة المسلمين في الاستفادة بالتعليم الحديث وتوجيههم، وعارض المؤتمر الوطني العام، ودعا المسلمين إلى التنحّي عنه، والعمل لوحدهم متمسّكا بقلّة عددهم، وتخلّفهم في مجال السياسة والثقافة، وقرب العهد بالثورة التي أثارت حولهم الشبهات، ومنحتْه الحكومة سنة ١٣٠٦ هـ وساما ممتازا يسمّى بـ "نجم الهند"، لقّبتْه بـ: كي. سى. ايس. آئي. ومنحتْه جامعة إيدمبرا الدكتوراه الفخرية في سنة ١٣٠٧ هـ، ونشأ بينه وبين أعضاء المجلس التأسيسي للمدرسة خلاف في بعض القضايا الإدارية، وعارضه صديقه القديم، وعضده الأيمن في تأسيس المدرسة المولوي سميع الله خان في اختياره نجله القاضي سيّد محمود سكرتيرا مساعدا للجنة، فانفصل سميع الله وزملاؤه عن المجلس، واستقالوا عن العضوية، وكان لذلك الأثر العميق في نفس السيّد أحمد خان وأعصابه، وتأثّرت صحته، وحدث أن الكاتب الهندكي الذي كان يثق به السيّد أحمد خان وجعله أمين الصندوق في الكلّية تحقّقتْ عليه خيانة في مائة ألف وخمسة آلاف ربية بالتزوير، فكانت ضربة قاضية، لم تحتملها أعصاب السيّد أحمد خان وصحته، تكدّرتْ أيامه
٣ / ١٤٤