ولم يكن عهد أحمد الأول (١٥٩٥ م - ١٦٠٣ م) يختلف عن عهد سابقيه. أما الطرد الجماعي للمورسكيين سنة ١٦٠٩ م، فقد حدث أيام السلطان مصطفى الأول (١٦٠٣ م - ١٦١٧ م).
أما علاقة الأندلسيين بالدولة السعدية، فقد رأينا موقف السلطان أبي محمد عبد الله الغالب (١٥٥٧ م - ١٥٧٤ م) من ثورة غرناطة الكبرى. وصلت الدولة السعدية إلى المغرب وهو يقاوم أطماع النصارى البرتغاليين والإسبان على أرضه، ويخاف على استقلاله من الدولة العثمانية على حدوده الشرقية، وكان مجزأ الأطراف متفرق الكلمة. وتم توحيد المغرب على يد السلطان محمد الشيخ عندما قتل آخر سلاطين بني وطاس يوم السبت ٢٤ شوّال عام ٩٦١ هـ (٢٢/ ٩ / ١٥٥٤ م).
كان لانتصارات محمد الشيخ ضد البرتغاليين أحسن الأثر لدى الأندلسيين، المقيمين منهم في الأندلس والمهاجرين إلى المغرب. فأيدوه تأييدًا كاملًا كرجل الجهاد الذي يستحق أن يلتف حوله المسلمون للدفاع عن الإسلام في المغرب والأندلس. وحاول محمد الشيخ التحالف مع الدولة العثمانية لإنقاذ الأندلسيين.
لكن لم يكتب لهذا التحالف النجاح لتخوفات السلطان السعدي من القوة العثمانية.
فانقلبت هذه السياسة إلى خيانة أيام الغالب بتحالفه الضمني مع الإسبان ضد المصالح العليا لكل من المغرب والأمة الأندلسية. مما جلب لنفسه عداوة الأندلسيين في إسبانيا والمغرب.
وخلف أبا عبد الله الغالب السلطان محمد المتوكل (المسلوخ) (١٥٧٤ م - ١٥٧٦ م)، فتبع نفس سياسة الانحياز إلى النصارى، إسبان وبرتغاليين، على حساب المصالح العليا للمغاربة والأندلسيين، مما أدى به إلى الخيانة الصريحة عندما التجأ إلى البرتغال وطلب مساندته في استرداد عرشه، وقدومه بالجيش البرتغالي غازيًا
١٤٢