ومن جهة أخرى، ارتعبت الحكومة من تجمع المسلمين في مناطق الأندلس القديمة بعد أن أسكنت بها بعض المهجرين الغرناطيين، ومنذ مارس عام ١٥٧١ م بدأ التفكير في تهجيرهم منها من جديد، وصدر الأمر بذلك في ٢٢/ ١١ / ١٥٧١ م وطبق في شهر ديسمبر الذي تلاه كما ذكرنا آنفًا. وعم التهجير من الأندلس القديمة حوالي عشرة آلاف غرناطي، شتتوا على قشتالة القديمة والجديدة. غير أن العاطفة الإسلامية الكامنة في نفوس كثير من أهل الأندلس القديمة، رغم تظاهرهم بالنصرانية، دفعت بسلطاتهم المحلية في قرطبة وأسباجة والقبذاق وبراغة وغيرها من المدن، إلى الدفاع عن المهجرين ورفض إخراجهم، ولم يهجر من الغرناطيين إلا عدد قليل من جيان، بينما تدخلت في سنتي ١٥٧٩ م و١٥٨٠ م مدن أندلسية أخرى، كقرمونة وبياسة ومرتش وأستجة، في إبقائهم. ثم تكاثر عدد المسلمين في الأندلس بعد عودة كثير من المهجرين إليها، فتكونت جاليات كبيرة في إشبيلية وقرطبة وغيرهما من المدن الكبيرة.
وفي مملكة مرسية كذلك، تدخلت السلطات المحلية لمنع تنفيذ أمر إخراج الغرناطيين منها، كما يظهر من الرسالة التالية الصادرة عن سلطات مرسية إلى الملك بتاريخ ١٢/ ١ / ١٥٨٠ م: «إن قرار مجلسكم الآن بإخراج المورسكيين وإعادتهم إلى مساكنهم القديمة (يعني في قشتالة) يشكل ضررًا كبيرًا لهذه المدينة وخطرًا عليها، كما سيؤدي إلى نزول في الضرائب التي ندفعها لكم وإضعاف للأملاك الملكية. لذا نتوسل إلى جلالتكم أن لا يسمح أبدًا بإخراج الخمسمائة عائلة المسجلة في لوائح هذه المدينة منذ زمن بعيد ...».
١٢٩