وتركته ينصرف في سلام، ولكن استمر الصراع بين العقائد. وفي عيد الفصح ١٥٦٣ قبض الموظفون المحليون على عدة قساوسة كاثوليك، كانونا قد خالفوا القانون بإقامة القداس، وهددوهم بالموت لوثنيتهم (٢١). وسجن بعضهم، وهرب آخرون واختفوا في الغابات فأرسلت ماري في طلب نوكس مرة أخرى، وتوسطت للإفراج عن القساوسة المسجونين، فأجابها بأنها إذا طبقت القانون، فأنه يكفل لها انصياع البروتستانت وطاعتهم، وإلا فأنه يعتقد أن هؤلاء البابويين كانوا جديرين بتلقينهم درسًا. "فقالت: إني أعد بتحقيق رغبتك". ودامت صداقتها لبعض الوقت. وبأمر منها حوكم أسقف سانت أندروز وسبعة وأربعون قسيسًا آخرون لإقامتهم القداس. وحكم عليهم بالسجن. وابتهج الكهنة البروتستانت بهذا. ولكن بعد أسبوع، (٢٦ مايو ١٥٦٣) عندما شهدت ماري ووصيفاتها البرلمان في أبهى حلة، وهتف بعض الناس "بارك الله ذاك الوجه الجميل" ندد هؤلاء الكهنة البروتستانت بتبرجهن وأذيال ثيابهن وما تدلى منها من حواش. وكتب نوكس: لم تشهد إسكتلندة مثيلًا لهذه الأبهة البغيضة في السيدات من قبل (٢٢).
وترامى إلى سمع نوكس بعد ذلك بقليل أن لثنجتون كان يحاول عقد زواج بين ماري ودون كارلوس ابن فيليب الثاني ملك أسبانيا. وإحساسًا منه بأن مثل هذا الزواج سيكون ضربة قاضية على البروتستانتية في اسكتلندة، أعلن نوكس عن رأيه بصراحة في موعظة ألقاها على النبلاء الذين شهدوا البرلمان:
٢٨ / ١٧٥