وعندما ألح اسكس على وليم سيسل وروبرت سيسل والملكة لتعيين بيكون في وظيفة المدعي العام الشاغرة، ذهبت توسلاته أدراج الرياح، واختير بدلًا منه إدوارد كوك Coke وهو أكبر منه سنًا وأكثر صلاحية من الناحية الفنية. وتحمل اسكس اللوم في رقة وكياسة؛ وأقطع بيكون ضيعة في توكنهام تدر ١٨٠٠ جنيه (١١٥). وقبل أن يستطيع بيكون الإفادة من هذه المنحة عانى من سجن قصير الأمد بسيط من أجل الديون (١١٦). وفي ١٥٩٧ عين في "المجلس العلمي" الذي يضم المحامين الذين كانوا يقدمون المشورة إلى مجلس شورى الملكة (١١٧).
وعلى الرغم من نصيحة بيكون انضم اسكس إلى جماعة الحرب، ودبر أن يكون على رأس الجيش. وهيأت له بسالته المندفعة في قادس بالغة لدى المجلس، ولكن إخفاقه في الآزور، وكبريائه لم تتضاءل قط، وتبذيره، ولسانه السليط، كل أولئك نفر منه المجلس وأهاج ثائرة الملكة. ولما رفضت صراحة توصيته بتعيين سير جورج كارو في إحدى الوظائف في إيرلندة، أدار لها ظهره، بإيماءة تنم على الاحتقار والزراية. فاستشاطت غيظًا ولكمته على أذنيه صارخة: "اذهب إلى الشيطان". فأمسك بسيفه وصاح فيها "هذه إساءة لن أصبر عليها، وما كنت لأحتملها من يدي أبيك". واندفع غاضبًا من الغرفة، وتوقع كل رجال البلاط أن يعجل بزجه في السجن في برج لندن (١٥٩٨) (١١٨). ولكن إليزابث لم تفعل شيئًا. بل على النقيض من ذلك، وربما لتتخلص منه، عينته بعد عدة أشهر من هذا الحادث، نائبًا للملكة، في إيرلندة.
وكان بيكون قد حذر اسكس من اللجوء إلى هذا العمل البغيض، ألا وهو مقاومة العقيدة بالقوة. ولكنه طلب جيشًا: وفي ٢٧ مارس ١٥٩٩ ارتحل إلى
٢٨ / ٥٩