فلم تكن جامعتها وقتئذ إلا واحدة من جامعات كثيرة في إيطاليا، ولم تعد تعلم الشرائع لأحبار الكنيسة أو الأباطرة، ولكن مدرستها الطبية كانت لا تزال ذات الشأن الأعظم بين أمثالها من المدارس. وكان البابوات يدعون أن بولونيا إحدى الولايات البابوية، وكان الكردنال ألبرنودسي Albornozy قد أيد هذه الدعوى تأييدًا عارضًا (١٣٦٠)؛ ولكن انشقاق الكنيسة بين البابوات المتنافسين عليها (١٣٧٨ - ١٤١٧)، أضعف سلطان البابوية في المدينة حتى جعله سلطانًا اسميًا؛ وارتفعت فيها أسرة غنية، أسرة بينتيفجليو Bentivoglio فصارت صاحبة السلطة السياسية، واحتفظت فيها طوال القرن الخامس عشر بدكتاتورية هينة، راعت أشكال الحكم الجمهوري، واعترفت بسيادة البابوات رسميًا ولكنها تجاهلتها عمليًا. وحكم جيوفني بينتيفجليو بولونيا، بوصفه زعيمًا (كابو Capo) لمجلس الشيوخ، سبعة وثلاثين عامًا (١٤٦٩ - ١٥٠٦) بحكمة وعدالة أكسبتاه إعجاب الأمراء وحب الشعب. وعنى في أثناء هذا الحكم برصف الشوارع، وإصلاح الطرق، وحفر القنوات؛ وساعد الفقراء بالعطايا، وقام بطائفة من الأشغال العامة ليخفف من حدة التعطل؛ وناصر الفنون مناصرة قوية. وكان هو الذين استدعى لورندسو كستا إلى بولونيا، وكان هو وأبناؤه هم الذين صور لهم فرانتشيا؛ والذي رحب في بلاطه بفيليفو، وجوارينو، وأورسبا Aurispa وغيرهم من الكتاب الإنسانيين. قد لجأ في أواخر حكمه إلى طائفة من الإجراءات الصارمة للاحتفاظ بسلطانه؛ ذلك بأن مؤامرة دبرت لخلعه فأحفظته ونفثت سموم الغل في قلبه، وأفقدته هذه الإجراءات حب شعبه. وحدث في عام ١٥٠٦ أن زحف البابا يوليوس الثاني بجيش بابوي على بولونيا، وطلي إليه أن ينزل عن الملك؛ فأجابه إلى طلبه بهدوء وسلام، وسمح له أن يغادر المدينة سالمًا، ومات في ميلان بعد عامين من ذلك الوقت. ووافق يوليوس