ومن نظام دار الكتب المصرية الوطنية أن الباحث لا يُمكّن من المخطوطات الأصلية. ويتاح له أن ينظر في خلال مايكروفيلم فقط، وإن كانت هناك مخطوطات لم تصور على المايكروفيلم فلا يمكن الاطلاع عليها، وبعد بحث مضن لم أحصل على مخطوطة واحدة بدار الكتب الوطنية تفي بالغرض.
لقد سجل الفهرس الشامل وجود مخطوطات للموطأ بالمكتبة الأزهرية، أقدمها من القرن السادس. والمكتبة الأزهرية مقفولة للجمهور نظرًا لنقلها إلى مبنى جديد. وقد التجأت إلى الأستاذ الأخ الكريم الدكتور إسماعيل دفدار، وقد طلب لنفسه صورة من أقدم مخطوطة مسجلة بالأزهر من هذا الكتاب. فقيل: إن المخطوطة مفقودة من سنين، فقد كلفت بعض الأساتذة بالبحث، والحمد لله وُجدت المخطوطة التي كانت غائبة، وقد فرحت كثيرًا وبعد الاطلاع تبين أنها ليست من رواية يحيى بن يحيى الليثي كما هو مذكور في الفهرس، لكنها من رواية يحيى بن بكير، وهي ناقصة، ومشوشة الترتيب أيضًا.
بقي الأمل في المغرب العربي لأنها أمينة على التراث المالكي. وقد زرت تونس لهذا الغرض، وزرت المكتبة الوطنية بتونس، فلم أجد نسخة واحدة من الموطأ ذات قيمة علمية بمعيار المواصفات المطلوبة في مجال البحث العلمي.
ولقد ذكر الشيخ محمد الطاهر بن عاشور في كتابه المغطى ص ٤٠ قائلًا: «أشهر نسخ الموطأ بالأندلس، نسخة محمد بن فرج مولى ابن الطلاع تلميذ ابن مغيث، وله رواية عن ابن وضاح.
١ / ٣١٥