وهذه النسخة بها حواشٍ من خطِّ المصنِّف، وعليها تصحيحات، وجاء في آخرها: «آخر السفر الأول من هذه النسخة، كتبه لنفسه العبد الفقير إلى عفو ربه القدير، أحمد بن محمد بن أحمد بن المحب، عفا الله عنهم وسامحهم، وهو يسأل الله تعالى بِمَنِّه وكرمه، وفضله ولطفه، أن يجعله من الذين اتقوا والذين هم محسنون، والحمد لله رب العالمين أولًا وآخرًا، وظاهرًا وباطنًا، وصلى الله على سيدنا محمد وآله وصحبه وسلم تسليمًا كثيرًا إلى يوم الدين، وحسبنا الله ونعم الوكيل».
النسخة الثالثة:
وهي المرموز لها بالرمز «ط»، وهي من محفوظات دار الكتب المصرية، وتقع في عشر مجلدات، ووقع كتاب «فضائل القرآن» في آخر المجلد العاشر، ويبدأ من الورقة «٢١٨» حتى الورقة «٢٦٠»، وهي ناقصة من آخرها نحو ورقتين، وهذه النسخة حسنة الخط والضبط، كتبت سنة «٨٣٨»، وجاء في آخرها: «آخر التفسير ولله الحمد والمنة، بيد الفقير إلى الله تعالى مرعي»؟ «ابن عبد الله المرسي، في تواريخ آخرها ... جمادى الآخرة من شهور سنة»٨٣٨«، ويتلوه كتاب فضائل القرآن».
النسخة الرابعة:
وهي المرموز لها بالرمز «ل»، وهي من محفوظات الحرم المكي
٢٠