وقد كانت حياة سعيد عاصفة، فبعد استقراره في العراق عُيِّن رئيسًا (جاءون) لحلقة سورا التلمودية، ثم نشبت معركة بينه وبين رأس الجالوت. وقد ألَّف في هذه المرحلة كتاب الأمانات والاعتقادات الذي ألَّفه بالعربية (ثم تُرجم إلى العبرية فيما بعد بعنوان أمونوت وديعوت)، وهو كتاب يهدف إلى الرد على القرّائين، وإلى جعل اليهودية عقيدة مقبولة لليهود المتعلمين من خلال تقديم تفسير عقلاني لها. ويبدو أنه كان يهدف أيضًا إلى تقديم عقائد اليهودية للعالم الإسلامي، فاتبع في مؤلفه هذا أسلوب المتكلمين الإسلاميين ومنهجهم، كما مزج التوراة بالحكمة اليونانية حسب قواعد علم الكلام، وقد كان سعيد بن يوسف يرى أنه لا يوجد أي صراع بين العقل والوحي. كان سعيد بن يوسف جزءًا من الخطاب الحضاري العربي الإسلامي ولذا فلم يكن يجد أي حرج في الإشارة للتوراة باعتبارها «الشريعة» وللعهد القديم باعتباره «قرآنًا»، والاتجاه نحو القدس أثناء الصلاة بأنه «قبلة»، أما المرتل «حزان» فكان يشير له بأنه «الإمام» .
١٣ / ٤٠٢