وبناء على ما سبق تأثرت قناة العين بعدد من العوامل التي أدت إلى انقطاع أو قلة وصول مياه العين إلى بلد الله الحرام وكان ذلك من الدوافع المهمة لإجراء أعمال معمارية أو صيانة للقناة. ويمكن تتبع ذلك كما ورد في تقارير عين زبيدة بصحيفة أم القرى ابتداءا من عام ١٣٥٣هـ/١٩٣٥ إلى عام ١٣٥٩هـ/١٩٤١م:-
أإن قناة العين بحاجة مستمرة إلى العناية بتنظيفها؛ لإزالة ما يمنع جريان الماء من الأتربة ورمال تأتي مع الماء من منبع العين، ويلحظ أن كمية الرمال هنا وافرة جدا بحيث أنها تفترش القناة بطول يصل إلى ثلاثة آلاف متر (٢٣) .
ب إن بناء أجزاء من القناة في بطن وادي نعمان، أدى إلى تأثرها بمياه السيول آلتي تعد من العوامل المؤدية إلى دمار القناة أو انسدادها بالأتربة (٢٤) .
ج نتج من بناء القناة وصيانتها قبل العصر السعودي وجود حفرة كبيرة في وادي نعمان طولها ١٢٠٠م وعرضها ما بين ٢٠ إلى ٤٠م وعمقها من ٤ إلى ٧م أطلق عليها اسم (الفري)، وكان ذلك يؤثر بشكل مباشر في انهيار الأتربة على القناة خاصة في موسم الأمطار وجريان السيول؛ مما يؤدي إلى انسداد القناة بالأتربة، ويتوقف جريان المياه إلى بلد الله الحرام (٢٥) .
٤ / ٣٦٨