بلغ ولاة الأمور قبل دخول الملك عبد العزيز - رحمه الله - مكة دعوة الشيخ أبي بكر إلي محاربة البدع والخرافات فضيقوا عليه سبل الدعوة ومنعوه من التدريس ولما رأوا تمسكه بعقيدته عقيدة التوحيد الخالص ورأوا ثباته في دعوته أمروا بالقبض عليه وسجنه مع المجرمين في غرفة وحده سنة ١٣٣٩هـ سجن دون تحقيق أو حكم وظل في سجنه إلي أن دخل الملك عبد العزيز - رحمه الله – مكة المكرمة فأفرج عنه مع كثير من السجناء المظلومين.
يقول عمر عبد الجبار في ترجمته للشيخ أبي بكر ما نصه: لقد شاهدت الشيخ أبا بكر أثناء دخولي السجن في غرفته بملابس رثة وقد طال شعر رأسه ولحيته إذ لا يسمح لسجين باستعمال مقص أو موس فسلمت عليه فرد السلام وقال: ﴿إِنَّ اللَّهَ مَعَ الصَّابِرِينَ﴾ ولي أسوة بإمامنا أحمد بن حنبل وظل - رحمه الله - في السجن إلي أن أفرج عنه مع بقية المسجونين جلالة الملك عبد العزيز آل سعود رحمه الله - وذلك بعد استيلاء جلالته على مكة سنة ١٣٤٢هـ
مؤلفاته:
ألف - رحمه الله – مؤلفات قليلة لأن ظروفه القاسية لم تسمح له بأكثر من هذه المؤلفات وهي:
٣٠٢