وفي سنة ١٨٩٣ توفي أخوه السيد عبد الباقي البكري بعد وفاة خديو مصر توفيق باثني عشر يومًا، فولاه الخديو عباس الثاني وظائف بيتهم جميعًا: المشيخة البكرية، ومشيخة المشايخ الصوفية، ونقابة الأشراف.
وفي شوال ١٣٠٩هـ الموافق مايو ١٨٩٣ عين عضوًا دائمًا في مجلس شورى القوانين وفي الجمعية العمومية، وأنعم عليه بكسوة التشريفة من الدرجة الأولى وبالنيشان المجيدي الثاني. وفي أواخر تلك السنة رحل إلى أوربا فقابل كثيرًا من وزرائها وعلمائها وأدبائها ثم قصد القسطنطينية فأكرمه السلطان عبد الحميد واحتفى به وقابله مرارًا، وقلده بيده «النيشان» العثماني الأول، ومنحه رتبة الوزارة العلمية، وهي قضاء عسكر الأناضول.
وفي ٢٥ من رجب ١٣١٢ الموافق ١٨٩٥ طلب أن يعفى من نقابة الأشراف، فأجابه عباس إلى طلبه، وقد قال السيد توفيق في سبب تخليه عن هذه الوظيفة "والسبب في ذلك أنني حين كنت رئيسًا لجلسة الميزانية في مجلس شورى القوانين طلبت أن يرتب للأزهر مبلغ من المال، ثم سعيت حتى رتب له ألف جنيه ولم يكن له غرض في ذلك إلا مساعدة العلماء، فوشى بعض أعدائي بي إلى جناب الخديو، وزعم أن لي في ذلك مقصدًا سياسيًّا، فتغير خاطره الكريم مني فرأيت من الواجب المبادرة بالاستعفاء، وقد أظهرت الأيام كذب الواشين،
٢ / ٤٤٧